Новый орган Петрикирхе для нового здания был заказан у фирмы Walcker — одного из лучших на то время мастеров органов. Орган Валькера был невероятно мощным — три клавиатуры для рук, две педальных, 3753 трубы, 63 регистра — и построен специально для зала Петрикирхе.
Он долгое время использовался почти исключительно на богослужениях. Концерты проводились редко — с установки органа в 1840 году до 1865 года в Петрикирхе состоялось всего три концерта. Органист проводил уроки для органного класса консерватории, но и органные классы были малочисленны — первые годы в них было всего два ученика, Карл Зике и Петр Ильич Чайковский.
Через год после установки с органом возникли проблемы. Так как условия для органа на хорах, предусмотренные мастером в фирме, не были соблюдены, уже в 1841 году мехи пришли в аварийное состояние, и общине пришлось выделить деньги на починку. Орган Валькера пережил две главных реконструкции — в 1868 году и 1885-86 годах. В 1886 году прошло два концерта, и в 1887 году церковный совет наконец разрешил исполнение в Петрикирхе музыки духовного характера на концертах. Только с 1897 года концерты стали проводиться ежегодно. Прекратились же они только к 1930-м годам
Петрикирхе закрылась далеко не сразу после прихода советской власти. Богослужения проводились до 1935 года, после чего здание было отдано овощехранилищу. В 1937 арестовали последнего пастора, Пауля Райхтера, и в 1938 он был расстрелян, а за ним — органист Петрикирхе, Вольф Лисс. Ценнейшее убранство церкви конфисковали и разграбили. В 1940 году валькеровский орган перевезли в Москву.
Орган был забыт до 1945 года. В 1946 году планировалось провести работы по восстановлению, но к тому моменту в Ленинграде, откуда были приглашены специалисты, не осталось никого с достаточной квалификацией. К началу работ состояние инструмента стало катастрофическим: висящие регистры и клавиши, многочисленные порванные или утерянные механические мешочки, конверты, мембраны внутри винлад, крысиное гнездо под педалью и другие значимые повреждения. После окончания работ орган описывался как «играющий в целом инструмент с недоделками». Уже в 1950х проблемы начали накапливаться снова. В 1957 году валькеровский орган демонтировали, часть его труб пошла на новый большой орган для Донецкой филармонии. И так он был утрачен окончательно.
