В XXI веке был поставлен вопрос приобретения большого органа. Было несколько вариантов — орган фирмы Walcker, который правительство Иннсбрука предлагало Петрикирхе, но пребывавший в слишком плохом состоянии и требовавший средства на реконструкцию; другой орган Walcker уже из Музыкальной академии Ференца Листа в Будапеште, слишком крупный для Петрикирхе.
Нынешний большой орган Петрикирхе точно так же, как и другие предложения, изначально для нее построен не был. В 1973 году он был построен в Кельне и установлен в церкви св. Гертруды в Стокгольме и перешел в руки общины Петрикрхе только в 2017 году. Willi Peter — орган электрический, без мехов, трактура которого состоит из нейлоновых нитей, а не деревянных абстрактов. У него три мануала и педаль, он насчитывает 43 регистра и 3218 труб. На данный момент он является самым большим и единственным трехмануальным среди церковных органов Санкт-Петербурга — остальные крупные органы находятся в концертных залах, а храмы используют преимущественно средние и малые органы на 20-25 регистров. Этот орган идельно вписывается в аккустику Петрикирхе. Установка большого органа стала большим событием для общины Петрикирхе и для любителей органной музыки. С самой установки стали регулярно проводиться концерты, за первые два месяца на которых успели выступить российские и зарубежные органисты, включая Григория Варшавского, Сергея Силаевского, Анну Калинкину, Томаша Гланца и других. Сейчас Willi Peter звучит на богослужениях и концертах, которые проводятся по вторникам и субботам.
